疾病考古是运用古病理学方法对人类遗骸所表现的疾病和创伤进行科学鉴定，并借助文献资料、图像和出土遗物对相关人群的社群关系、生业模式和文化习俗进行综合分析的学科。本文综合分析了已公布的38处新疆青铜时代与早期铁器时代墓地与遗址的人骨材料，按地理概念划分为阿尔泰山、天山、昆仑山3个单元，结合自然环境与历史背景，对创伤、齿科疾病、先天畸形、肿瘤、关节疾病、呼吸系统疾病、传染性疾病、新陈代谢与内分泌疾病，以及颅骨变形、钻孔、头骨环锯等现象进行研究，客观反映这一时期新疆地区的人地关系与族群冲突。